気が早い話ですが、平成19年から所得税率と住民税率が変更されます。
例の三位一体の改革の一連の流れですね。

地方への税源委譲、ですから、所得税率が下がって、住民税率が上がります。
(この影響は数千円の増税になりそうです。)

住宅ローン減税は所得税のみに適用されています。
ですので、年末調整でがっぽり税金が返ってきても
翌年の給料からはしっかり住民税が引かれているはず。

今回、所得税率が下がると、本来所得税から引かれるはずだった税金が
引かれなくなります。
その引かれなくなった分を住民税から引くことになります。
が、これは確定申告が必要になってきます。

ですので、現在、住宅ローン減税を受けている方は
忘れずにお住まいの市町村に申請を!

身勝手な処置ですが、文句を言っても仕方がありません。
とにかく申請しないと税率変更による減税の減少(複雑な言い回しだな・・)を
取り戻せませんから。